1.浸泡消毒法。它是利用消毒液浸泡饮水机的各个管路，消毒液有效成分以二氧化氯、双氧水为代表：二氧化氯成本低，但残留不易清洗;双氧水的残留易清洗，但价格高。
使用二氧化氯消毒时，用50～100mg/L浓度的溶液浸泡5分钟，即可达到消毒目的;使用双氧水消毒时，浸泡时间同为5分钟，但浓度为1.5%。另外，甲醛、二醛等醛类消毒剂尽管杀菌能力很强，但刺激性气味大，而且无法对饮水机的内胆、管壁、分水管道等部位进行循环冲洗，难以将污物带出，因此不向大家推荐。
2.喷淋循环消毒法。它是利用“高压喷淋”的工业消毒原理，从饮水机进水口喷射消毒剂，通过高压使消毒水流在饮水机“体内循环”，药液回收后无须再用水洗，费用与浸泡消毒法相当，已受到许多饮水机生产厂商的关注。
3.释放臭氧消毒法。在饮水机冷水腔和热水腔内的剩水放完的情况下，将消毒插头插在饮水机进水口处，接入臭氧发生器的胶管，打开臭氧发生器电源，通入臭氧15分钟。然后，打开冷水嘴，用臭氧对冷水流通管道消毒，5分钟后关闭冷水嘴，再打开热水嘴对热水管道进行消毒。
步骤：
1.去电源插头，取下水桶，打开饮水机后面的排污管口(一般为白色塑料材质的旋钮)，排净余水。然后，再打开冷热水开关放水。
2.取下“聪明座”(就是饮水机内接触泉水桶的部分)，用酒精棉仔细擦洗饮水机内胆和盖子的内外侧，为下一步消毒做准备。
3.按照去污泡腾片或消毒剂的说明书配置消毒水(去污泡腾片和专用消毒剂超市都有卖，价格也不贵)，导入饮水机，使消毒水充盈整个腔体，留置10~15分钟。
4.打开饮水机的所有开关，包括排污管和饮水开关，排净消毒液。
5.用清水连续冲洗饮水机整个腔体(这个过程建议把饮水机搬到卫生间里，保证水量充沛)，打开所有开关排净冲洗液体。
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